O art. 37 da Constituição, em seu inciso XVI, estabelece:

XVI – é vedada a acumulação remunerada de cargos públicos, exceto, quando houver compatibilidade de horários, observado em qualquer caso o disposto no inciso XI:

a) a de dois cargos de professor;

b) a de um cargo de professor com outro técnico ou científico;

c) a de dois cargos ou empregos privativos de profissionais de saúde, com profissões regulamentadas;

Portanto, desde que haja compatibilidade de horários, não há problema em manter as duas matrículas. Nesse sentido, o entendimento do Superior Tribunal de Justiça (STJ):

Processo AgRg no RMS 37344 / MS – AGRAVO REGIMENTAL NO RECURSO EM MANDADO DE SEGURANÇA – 2012/0048767-1

Relator(a) Ministro MAURO CAMPBELL MARQUES (1141) Data do Julgamento: 5/6/2014

AGRAVO REGIMENTAL NO RECURSO ORDINÁRIO EM MANDADO DE SEGURANÇA. ADMINISTRATIVO. SERVIDOR PÚBLICO ESTADUAL. ACUMULAÇÃO DE CARGO TÉCNICO COM MAGISTÉRIO. POSSIBILIDADE. COMPATIBILIDADE DE HORÁRIOS.

1. O agravante não trouxe argumentos novos capazes de infirmar os fundamentos que alicerçaram a decisão agravada, razão que enseja a negativa de provimento ao agravo regimental.

2. Este Superior Tribunal, ao apreciar questão semelhante, consignou que “a acumulação exercida pela recorrente se amolda, portanto, à exceção inserta no art. 37, XVI, “b”, da Constituição Federal, porquanto parece desarrazoado admitir a acumulação de um cargo de professor com outro técnico ou científico e, entretanto, eliminar desse universo o cargo de médico (no caso sub examine, de perito), cuja natureza científica é indiscutível”. (v.g: RMS 39.157//GO, Relator Ministro Herman Benjamin, DJe de 07/03/2013).

3. Agravo regimental não provido.